Zdesperowany, aby zostać wielkim, SpongeBob wyrusza, aby udowodnić swoją odwagę Panu Krabsowi, podążając za Latającym Holendrem - tajemniczym piratem-duchem - podczas przygody, która zabierze go w najgłębsze głębiny morskie, gdzie żadna gąbka nie dotarła wcześniej.